NGS-Ansatz zur Entdeckung von Varianten bei Riesen-Süßwassergarnelen

Unter den gezüchteten Krustentieren war die Süßwasser-Riesengarnele Macrobrachium rosenbergii bis vor kurzem eine der wichtigsten Arten mit hohem Handelswert. In letzter Zeit hat sie aufgrund von Krankheiten und dem unterschiedlichen Wachstum der Männchen aufgrund der sozialen Hierarchie an Beliebtheit verloren. Die Art kann ihren früheren bevorzugten Status wiedererlangen, wenn sie in Bezug auf Wachstum und Krankheitsresistenz genetisch verbessert wird. Die selektive Zucht wird durch die markergestützte Selektion (MAS) erheblich erleichtert. Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) bieten die feinste Auflösung, die für eine Markerkarte möglich ist (eine einzelne Nukleotidveränderung), sind kodominant, bi-allelisch und in der Regel in Populationen mit niedriger Mutationsrate häufig. Die DNA-Sequenzierung über NGS-Plattformen gilt als der kostengünstigste Ansatz. In dieser Studie wurde ein SNP-Mining in den transkribierten Sequenzen von M. rosenbergii durchgeführt, die in GenBank, NCBI, verfügbar sind. Es wurden wilde Exemplare aus verschiedenen Gewässern gesammelt. Es wurden Primer zur Amplifikation der kodierenden Sequenzen (CDS) entwickelt und die Amplikons auf GS-FLX 454 und Ion torrent Plattformen sequenziert. Es wurden 173 SNPs in den verschiedenen Populationen entdeckt. Dieser Ansatz zum Abbau von SNPs in gemeldeten Sequenzen wurde von uns zum ersten Mal verwendet.