Quantifizierung und Visualisierung von Peptiden in LC-MS Daten

Dieses Buch behandelt die quantitative Auswertung und Visualisierung massenspektrometrischer Messdaten. Für die Visualisierung dieser Daten wurden mehrere Darstellungsvarianten entwickelt, darunter befindet sich die Möglichkeit zur zweidimensionalen und dreidimensionalen Darstellung. Bei der Verarbeitung der Signale in den Messdaten wurden verschiedene Methoden entwickelt, welche im Zusammenspiel einen Datensatz verarbeiten können. Von der Kandidatensuche über die Peakerkennung bis hin zur Quantifizierung der Peptide wurden geeignete Verfahren erarbeitet und implementiert. Zur Peptiderkennung wurde ein mathematisches Isotopenmodell entwickelt, um diese eindeutig klassifizieren zu können. Dadurch kann die Masse und der Ladungszustand von Peptiden, selbst bei geringen Intensitäten auf Rauschniveau, noch sicher erkannt werden. Des Weiteren wurde ein Verfahren zur Kompensation des Totzeiteffektes des Detektors ermittelt, wodurch bereits verlorene Informationen über die Signalintensität zurückgewonnen werden können. Dadurch ergibt sich eine exakte Quantifizierung und die Möglichkeit der Depletion von bereits gefundenen Peptidsignalen.

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